Найдраматичніша, мабуть, сторінка життя видатного вченого — його діяльність на посаді першого неодмінного секретаря Всеукраїнської академії наук. А.Ю. Кримський пішов працювати у ВУАН разом з В.І. Вернадським, керуючись, насамперед, палким бажанням реально сприяти національному, культурному та духовному відродженню українського народу. Тут йому довелося зіткнутися з чималими труднощами, але головною проблемою стало бажання більшовиків взяти Академію під цілковитий контроль. Ознаки цього з’явились вже у 1921 році. Обставини склались так, що головний тягар у справі захисту внутрішньої самостійності ВУАН довелося взяти на себе саме академіку Кримському.
А. Кримський ( в центрі) із сподвижниками: Ф. Морозовим, Н. Поповим, П. Курінним, М. Касперовичем, М. Яворським, А. Винницьким. 1925 рік