Навіть початок Другої світової війни не перешкодив людоловам НКВС погубити вченого. У липні 1941 року, коли фашисти вже топтали українську землю, у сталінських катів не знайшлося важливішої роботи, ніж заарештувати недужого після інсульту 70-річного академіка. Із Звенигородки його перевезли до Києва. Звинуватили в «антирадянській націоналістичній діяльності». У карній справі №148001, заведеній НКВС, є вражаючий факт. Видатного вченого, лінгвіста-поліглота, допитував напівграмотний «особіст-інтернаціоналіст», який не володів жодною мовою. Напружуючи слабкий зір, Агатангел Юхимович читав протоколи допитів і виправляв граматичні помилки свого мучителя... 
Напівпритомного академіка відправляють етапом до Казахстану. Там, під Кустанаєм, в тюрмі НКВС, Агатангел Кримський помер. За іншими джерелами, нелюди закат ували вченого до смерті. Сталося це 25 січня 1942 року. У 1957 році комуністичний режим посмертно реабілітував великого сходознавця. Та попри те, що науковці різних континентів активно використовували унікальну спадщину українського вченого, в СРСР існувало негласне табу на його широке визнання. Ім’я українського академіка Агатангела Кримського 1970 року було занесено до затвердженого XVI сесією Генеральної Асамблеї ЮНЕСКО переліку видатних діячів світу.
