Прихід до влади більшовиків не знайшов розуміння і підтримки у C.О. Єфремова, про що він доволі різко висловився у низці своїх публікацій. Вбачаючи у них загрозу для українського визвольного руху, активно виступав за створення єдиного національного фронту.
Київ, 1918 рік
Загальним девізом позиції Єфремова можуть бути його ж власні слова з «Листа без конверта» (відкритого листа), якого він адресував у січні 1918 року одному з червоних командирів — Юрієві Коцюбинському.
Дивитися «Лист без конверта» ТУТ
Після цього був арешт письменника в лютому 1919 р. І лише заступництво Української Академії наук, яка саме в цей час обрала його своїм дійсним членом, допомогло звільненню.
Всеукраїнська Академія наук
Він відійшов від політичної роботи й зосередився на викладацькій та науковій.
У червні 1920 p., коли українські й польські війська залишали Київ, перейшов на нелегальне становище, жив у Боярці під прізвищем Ігнатенка. В1921-1922 р.р.викладав у місцевому технікумі історію українського письменства.
На клопотання Всеукраїнської Академії наук радянська влада надала йому амністію, і вчений повернувся до легального життя.
У1922 р. його обрали віце-президентом Всеукраїнської Академії наук. Сергій Олександрович очолював історико-літературне товариство та кілька комісій у галузі літературознавства, приділяв велику увагу питанням становлення українського правопису й видання відповідних словників, вважав це «справою державної ваги».
Комісія зі складання словника живої української мови Всеукраїнської академії наук. Стоять, зліва направо: Василь Дем’янчук, Всеволод Ганцов, Григорій Голоскевич та Ольга Андрієвська. Сидять, зліва направо: Петро Стебницький, Агатангел Кримський, Марія Грінченко, Сергій Єфремов. 2 вересня 1922 року