Це була найщасливіша та найсвітліша пора життя письменника, але, як зазвичай буває, вельми нетривала й така, що призвела до тяжкої спокути. Життя не надто щедре на такі розкішні милості, і М. Гоголю, який у цей період створював уже перший том «Мертвих душ», недовго пощастило купатися в морі високих естетичних насолод. Перед очима М. Гоголя все ще було безкрає море та ясне небо Італії, але в його душі вже народжувалися зовсім інші картини.
Щастя його захмарювалося, по-перше, важкою та звичайною прозою болісних турбот про існування. А потім на горизонт все частіше почали насуватися грозові хмари: то йому довелося здійснити витратну поїздку на Батьківщину, щоб забрати сестер з інституту та супроводжувати молодих недосвідчених дівчат принаймні до Москви, а потім клопотати про можливість здійснити закордонну поїздку, для чого знадобилося зробити обтяжливу позику; то стан його самого отруювався жахливими стражданнями від болю в шлунку. В 1840 році в Римі та Відні Микола Васильович переносить одну за одною дві тяжкі хвороби. Існують гіпотези, що саме в Римі він заразився малярією, і лише завдяки своєчасному втручанню лікарів залишився живим. Незважаючи на те, що хвороба відступила, вона часто викликала в М. Гоголя втрату свідомості та видіння, які робили його життя нестерпним. Кожне одужання від хвороби сприймалося з дитинства релігійно налаштованим М. Гоголем, як дивовижний порятунок від смерті, що був надісланий йому зверху, де від нього очікували, щоб він майбутніми своїми творами послужив на користь людству в більш духовному сенсі.
Незабаром, у 1842 році, розпочались проблеми з виданням «Мертвих душ». Це нагадало письменнику ті жорстокі моральні тортури, які він пережив під час появи «Ревізора»: знову ті ж митарства, особливо цензурні, доходить до того, що висловлювалися такі міркування, ніби саме назва твору не повинна дійти до друку, оскільки душа безсмертна. В цей же час у М. Гоголя починає складатися переконання, що він повинен повністю присвятити себе «святій своїй праці» над «Мертвими душами», в наступних томах яких він покликаний зобразити вже кращі сторони руської людини. Письменник все більше пов’язує думку щодо продовження своєї праці з питанням про душевний порятунок і для гідного виконання поставленного собі завдання вважає необхідним перевиховати себе духовно.
Він просить у Бога послати йому сили для здійснення майбутнього великого подвигу, а тим часом все більше занурюється в себе і замикається морально. Тепер М. Гоголь надає невелике значення своїм колишнім працям, знаходячи їх нікчемними, і спрямовується всіма силами душі до гаряче плеканої мрії – сказати співвітчизникам необхідне для них та ще не чуте ними раніше слово. Йому мариться грандіозна перспектива, й мимоволі в нього починають вириватися порівняння першої частини «Мертвих душ» лише з нікчемним ґанком до споруджуваного палацу.